Les zones humides dels Aiguamolls de Rufea gaudeixen d'una bona disponibilitat d'aigua, al sòl i a l'ambient, fet que fa possible el creixement del bosc de ribera.
Així, entre els arbres, hi trobarem majoritàriament àlbers (Populus alba), acompanyats de freixes (Fraginus agustifolia), xops (Populus nigra) i verns (Alnus glutinosa). La vegetació més característica, de tipus arbustiu, és el salze (Salix alba i Salix purpurea) i el tamariu (Tamarix gallica). Hi trobarem, també, l'arç blanc (Crataegus monogyna), el sanguinyol (Cornus sanguinea), l'esbarzer (Rubus ulmifolius) i el roser (Rosa canina), entre d'altres.
Als marges de les basses, i dins de l'aigua, trobem el canyís (Phragmites australis), la boga (Typha sp), el jonc (Holoschoenus romanus) i el lliri groc (Iris pseudacors).
Als aiguamolls de Rufea, lligats a aquests ambients, podem observar molts animals, sobretot ocells. A les zones amb aigua, vora les basses i prop del riu, destaquen l'ànec coll-verd (Anas platyrhynchos), la gallineta o polla d'aigua (Gallinula chloropus), el martinet blanc (Egretta garzetta) i el bernat pescaire (Ardea cinerea). També hi podem veure blauets (Alcedo atthis), arpelles sobrevolant l'indret (Circus aeruginosus) i les colònies de corb marí gros (Phalacrocorax carbo) durant la tardor i l'hivern.
Els Aiguamolls de Rufea, formen part del camí del riu, que, en recórrer l'horta de Lleida, enllaça un conjunt d'espais de valor natural i humà (Granyena, la Mitjana, el tram urbà del riu, Rufea i Butsènit), articulats al voltant de l'aigua, en el marc del corredor ecològic més important de Ponent, el riu Segre.
